Covid-19 reproductiegetal

For English, see below

Het reproductiegetal R geeft het gemiddeld aantal mensen dat besmet wordt door één persoon met COVID-19. Voor de schatting van dit reproductiegetal gebruiken we het aantal gemelde COVID-19 ziekenhuisopnames per dag in Nederland. Dit aantal ziekenhuisopnames wordt bijgehouden door Stichting NICE (Nationale Intensive Care Evaluatie). Omdat een COVID-19 opname met enige vertraging doorgegeven wordt in het rapportagesysteem, corrigeren we het aantal opnames voor deze vertraging [1]. Voor een groot deel van de gemelde gevallen is de eerste ziektedag bekend. Deze informatie wordt gebruikt om de eerste ziektedag voor de ziekenhuisopnames te schatten. Door het aantal COVID-19 opnames per datum van eerste ziektedag weer te geven is direct te zien of het aantal infecties toeneemt, piekt of afneemt. Voor de berekening van het reproductiegetal is het ook nodig te weten wat de tijdsduur is tussen de eerste ziektedag van een COVID-19 geval en de eerste ziektedag van zijn of haar besmetter. Deze tijdsduur is gemiddeld 4 dagen voor SARS-CoV-2 varianten in 2020 en 2021, en gemiddeld 3.5 dagen voor recentere varianten, berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD. Met deze informatie wordt de waarde van het reproductiegetal berekend zoals beschreven in Wallinga & Lipsitch 2007 [2]. Tot 12 juni 2020 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 ziekenhuisopnames, en tot 15 maart 2023 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD’en. [1] van de Kassteele J, Eilers PHC, Wallinga J. Nowcasting the Number of New Symptomatic Cases During Infectious Disease Outbreaks Using Constrained P-spline Smoothing. Epidemiology. 2019;30(5):737-745. doi:10.1097/EDE.0000000000001050. [2] Wallinga J, Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc Biol Sci. 2007;274(1609):599-604. doi:10.1098/rspb.2006.3754.

Beschrijving van de variabelen: Version: Versienummer van de dataset. Wanneer de inhoud van de dataset structureel wordt gewijzigd (dus niet de dagelijkse update of een correctie op record niveau), zal het versienummer aangepast worden (+1) en ook de corresponderende metadata in RIVMdata (https://data.rivm.nl). Versie 2 update (8 februari 2022):

• In de berekening van het reproductiegetal wordt in plaats van de GGD meldingsdatum nu de datum van positieve testuitslag gebruikt. Versie 3 update (17 februari 2022):
• In de berekening van het reproductiegetal wordt nu rekening gehouden met verschillende generatietijden voor verschillende varianten. Voor de varianten tot en met Delta is de gemiddelde generatietijd 4 dagen, vanaf Omikron is dat 3.5 dagen. Het hier gepubliceerde reproductiegetal is een gewogen gemiddelde van de reproductiegetallen per variant. Versie 4 update (1 september 2022):
• Vanaf 1 september 2022 is deze dataset opgesplitst in twee delen. Het eerste deel bevat de data vanaf het begin van de pandemie tot en met 3 oktober 2021 (week 39) en bevat ‘tm’ in de bestandsnaam. Deze data wordt niet meer geüpdatet. Het tweede deel bevat de data vanaf 4 oktober 2021 (week 40) en wordt iedere dinsdag en vrijdag geüpdatet.
• Tot 31 augustus werd het gepubliceerde reproductiegetal berekend met de data van de dag voor publicatie. Vanaf 1 september is het gepubliceerde reproductiegetal berekend met de data van de dag van publicatie. Versie 5 update (31 maart 2023):
• Vanaf 15 maart 2023 wordt het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 ziekenhuisopnames volgens de NICE ziekenhuisregistratie. Van 13 juni 2020 t/m 14 maart 2023 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD. Het aantal meldingen wordt echter sterk bepaald door het testbeleid, en is door het aangepaste testbeleid per 10 maart 2023 en het sluiten van de GGD teststraten per 17 maart 2023 minder geschikt als basis voor het berekenen van het reproductiegetal. Tot en met 12 juni 2020 werd het reproductiegetal ook berekend op basis van ziekenhuisopnames, maar toen zoals gemeld aan de GGD.

Date: Datum waarvoor het reproductiegetal is geschat

Rt_low: Ondergrens 95% betrouwbaarheidsinterval

Rt_avg: Geschat reproductiegetal

Rt_up: Bovengrens 95% betrouwbaarheidsinterval

population: patiëntpopulatie met waarde “hosp” voor gehospitaliseerde patiënten of “testpos” voor test positieve patiënten

Voor recente R schattingen is de betrouwbaarheid niet groot, omdat de betrouwbaarheid afhangt van de tijd tussen infectie en ziek worden en de tijd tussen ziek worden en melden. Daarom is de variabele Rt_avg afwezig in de laatste twee weken.

Covid-19 reproduction number

The reproduction number R gives the average number of people infected by one person with COVID-19. To estimate this reproduction number, we use the number of reported COVID-19 hospital admissions per day in the Netherlands. This number of hospita...