Covid-19 rapportage van SARS-CoV-2 varianten in Nederland via de aselecte steekproef van RT-PCR positieve monsters in de nationale kiemsurveillance.

For English, see below

Dit bestand bevat de volgende aantallen:

• Aantal per VOC, VOI en VUM gedetecteerd per week
• Totaal aantal metingen, de noemer, per wekelijkse steekproef

Dit is gesplitst in de door de WHO (https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/) en/of ECDC (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern) aangemerkte Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI) en Variant Under Monitoring (VUM). De week waartoe een monster behoord is gebaseerd op de datum van bemonstering. De aantallen zijn gebaseerd op de aselecte steekproef afkomstig uit de kiemsurveillance, dit betekent dat samples behorend tot uitbraken niet geïncludeerd zijn in de data.

Het bestand is als volgt opgebouwd:

• Een record per VOC, VOI en VUM aangemerkte SARS-CoV-2 variant per week. Dit bestand wordt wekelijks op de vrijdag geüpdatet. De manier waarop deze informatie gegenereerd wordt is anders dan de snel-testen en PCR-testen. Er worden geavanceerdere machines gebruikt die een langere doorlooptijd hebben dan, bijvoorbeeld, de machines gebruikt voor PCR-testen. Door alle logistieke processen is het daarom niet haalbaar om een representatief beeld te vormen van de laatste twee weken: deze worden dan ook niet gerapporteerd. Aanvullend, het kiemsurveillance project is sinds oktober 2020 operationeel met een toenemend aantal wekelijkse monsters tot medio begin Januari 2021, daarom zijn oudere data niet beschikbaar. Bij alle gerapporteerde data zijn de instructies, definities en voetnoten zoals vermeld op https://www.rivm.nl/coronavirus-covid-19/virus/varianten leidend. N.B.: Door internationaal veranderende stamnaam definities op basis van voortschrijdend wetenschappelijk inzicht kunnen de records in de hier gepresenteerde data aangepast worden.

Changelog: Versie 2 update (29 oktober 2021):

• Een kolom WHO_category is toegevoegd met de actuele variant categorie (VOC/VOI/VUM) zoals toegewezen door de WHO.
• Naast de categorieën VOC en VOI wordt nu ook de categorie VUM geïncludeerd in het bestand. Versie 3 update (10 december 2021):
• Een kolom May_include_samples_listed_before is toegevoegd met daarin een waarde TRUE het mogelijk is dat de gerapporteerde Variant_cases samples aggregeert die al in een eerdere variant in de tabel zijn geïncludeerd. Wanneer dit niet mogelijk is, is de waarde FALSE. Versie 4 update (8 juli 2022):
• De kolom May_include_samples_listed_before is vervangen door een kolom Is_subvariant_of. Indien deze variant een subvariant is van een andere variant die is genoemd, bevat deze kolom een waarde die correspondeert met de Variant_code van de andere variant. De aantallen (Variant_cases) van deze subvariant zijn een subset van die van de andere variant.

Beschrijving van de variabelen: Version: Versienummer van de dataset. Wanneer de inhoud van de dataset structureel word gewijzigd (dus niet de wekelijkse update of een correctie op record niveau), zal het versienummer aangepast worden (+1) en ook de corresponderende metadata in RIVM data (data.rivm.nl).

Date_of_report: Datum en tijd waarop het databestand voor het laatst is bijgewerkt door het RIVM. Schrijfwijze: YYYY-MM-DD hh:mm:ss.

Date_of_statistics_week_start: De datum van de maandag - eerste dag van die week - waarvoor de aantallen per week worden gepresenteerd. De laatste dag van de week is de zondag. Schrijfwijze: YYYY-MM-DD.

Variant_code: Wetenschappelijke naam van SARS-CoV-2 variant op basis van Pangolin nomenclature. Kan letters, cijfers en punten bevatten.

Variant_name: Actuele WHO label van SARS-CoV-2 variant. Bestaat enkel uit letters.

ECDC_category: Geeft aan of het een Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI), Variant under Monitoring (VUM), of De-escalated Variant (DEV) is volgens de actuele definities van ECDC. Voor meer info zie ook: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern.

WHO_category: Geeft aan of het een Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI) of Variant under Monitoring (VUM) is volgens de actuele definities van WHO. Voor meer info zie ook: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

Is_subvariant_of: Indien deze variant een subvariant is van een andere variant die is genoemd, bevat deze kolom een waarde die correspondeert met de Variant_code van de andere variant. De aantallen (Variant_cases) van deze subvariant zijn een subset van die van de andere variant.

Sample_size: Toont de totale steekproefgrootte in de betreffende week aan. Bestaat enkel uit hele getallen.

Variant_cases: Toont aan voor hoeveel gevallen uit de steekproef in de betreffende week de specifieke VOC, VOI of VUM gevonden is. Bestaat enkel uit hele getallen.

Covid-19 reporting of SARS-CoV-2 variants in the Netherlands through the random sample of RT-PCR positive samples in the national surveillance of virus variants.

This file contains the following numbers:

• Number per VOC, VOI and VUM detected per week
• Total number of measurements, the denominator, per weekly sample

This is split into the WHO (https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/) and/or ECDC (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern) designated Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI) and Variant Under Monitoring (VUM). The week to which a sample belongs is based on the date of sampling. The numbers are based on the random sample from the virus variant surveillance, which means that samples belonging to outbreaks are not included in the data.

The file is structured as follows:

• One record per VOC, VOI and VUM noted SARS-CoV-2 variant per week. This file is updated weekly on Fridays. The way this information is generated is different from the rapid tests and PCR tests. More advanced machines are used that have a longer run time than, for example, the machines used for PCR testing. Due to all the logistics processes, it is therefore not feasible to form a representative picture of the most recent two weeks: these are not reported for that reason. Additionally, the virus variant surveillance project has been operational since October 2020 with an increasing number of weekly samples until mid-early January 2021, therefore older data is not available. For all reported data, the instructions, definitions and footnotes as stated on https://www.rivm.nl/coronavirus-covid-19/virus/varianten are leading. Please note, due to internationally changing variant name definitions based on advancing scientific insight, the records in the data presented here can be adjusted.

Changelog: Version 2 update (October 29, 2021):

• A WHO_category column has been added with the current variant category (VOC/VOI/VUM) as assigned by the WHO.
• In addition to the VOC and VOI categories, the VUM category is now also included in the file. Version 3 update (December 10, 2021):
• A column May_include_samples_listed_before has been added with a value TRUE whenever it is possible for the reported Variant_cases to aggregate samples that have already been included in a previous variant in the table. When this is not possible, the value is FALSE. Version 4 update (July 8, 2022):
• The May_include_samples_listed_before column has been replaced by an Is_subvariant_of column. If this variant is a subvariant of another variant mentioned, this column contains a value that corresponds to the Variant_code of the other variant. The numbers (Variant_cases) of this subvariant are a subset of those of the other variant.

Description of the variables: Version: Version number of the dataset. When the content of the dataset is structurally changed (so not the weekly update or a correction at record level), the version number will be adjusted (+1) and also the corresponding metadata in RIVM data (data.rivm.nl).

Date_of_report: Date and time when the database was last updated by the RIVM. Notation: YYYY-MM-DD hh:mm:ss.

Date_of_statistics_week_start: The date of the Monday - first day of that week - for which the numbers per week are presented. The last day of the week is Sunday. Notation: YYYY-MM-DD.

Variant_code: Scientific name of SARS-CoV-2 variant based on Pangolin nomenclature. Can contain letters, numbers and periods.

Variant_name: Current WHO label of SARS-CoV-2 variant. Consists of letters only.

ECDC_category: Indicates whether it is a Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI), Variant under Monitoring (VUM), or De-escalated Variant (DEV) according to ECDC's current definitions. For more information see also: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern.

WHO_category: Indicates whether it is a Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI) or Variant under Monitoring (VUM) according to the current WHO definitions. For more information see also: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

Is_subvariant_of: If this variant is a subvariant of another variant that has been mentioned, this column contains a value that corresponds to the Variant_code of the other variant. The numbers (Variant_cases) of this subvariant are a subset of those of the other variant.

Sample_size: Shows the total sample size in that week. Consists of whole numbers only.

Variant_cases: Shows for how many cases from the sample from that week the specific VOC, VOI or VUM was found. Consists of whole numbers only.