Covid-19 rapportage van SARS-CoV-2 varianten in Nederland via de aselecte steekproef van RT-PCR positieve monsters in de nationale kiemsurveillance.

Dit bestand bevat de volgende aantallen:

• Aantal per VOC, VOI en VUM gedetecteerd per week
• Totaal aantal metingen, de noemer, per wekelijkse steekproef

Dit is gesplitst in de door de WHO (https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/) en/of ECDC (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern) aangemerkte Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI) en Variant Under Monitoring (VUM). De week waartoe een monster behoord is gebaseerd op de datum van bemonstering. De aantallen zijn gebaseerd op de aselecte steekproef afkomstig uit de kiemsurveillance, dit betekent dat samples behorend tot uitbraken niet geïncludeerd zijn in de data.

Het bestand is als volgt opgebouwd:

• Een record per VOC, VOI en VUM aangemerkte SARS-CoV-2 variant per week.

Dit bestand wordt wekelijks op de vrijdag geüpdatet. De manier waarop deze informatie gegenereerd wordt is anders dan de snel-testen en PCR-testen. Er worden geavanceerdere machines gebruikt die een langere doorlooptijd hebben dan, bijvoorbeeld, de machines gebruikt voor PCR-testen. Door alle logistieke processen is het daarom niet haalbaar om een representatief beeld te vormen van de laatste twee weken: deze worden dan ook niet gerapporteerd. Aanvullend, het kiemsurveillance project is sinds oktober 2020 operationeel met een toenemend aantal wekelijkse monsters tot medio begin Januari 2021, daarom zijn oudere data niet beschikbaar.

Bij alle gerapporteerde data zijn de instructies, definities en voetnoten zoals vermeld op https://www.rivm.nl/coronavirus-covid-19/virus/varianten leidend. N.B.: Door internationaal veranderende stamnaam definities op basis van voortschrijdend wetenschappelijk inzicht kunnen de records in de hier gepresenteerde data aangepast worden.

Changelog: Versie 2 update (29 oktober 2021):

• Een kolom WHO_category is toegevoegd met de actuele variant categorie (VOC/VOI/VUM) zoals toegewezen door de WHO.
• Naast de categorieën VOC en VOI wordt nu ook de categorie VUM geïncludeerd in het bestand. Versie 3 update (10 december 2021):
• Een kolom May_include_samples_listed_before is toegevoegd met daarin een waarde TRUE het mogelijk is dat de gerapporteerde Variant_cases samples aggregeert die al in een eerdere variant in de tabel zijn geïncludeerd. Wanneer dit niet mogelijk is, is de waarde FALSE. Versie 4 update (8 juli 2022):
• De kolom May_include_samples_listed_before is vervangen door een kolom Is_subvariant_of. Indien deze variant een subvariant is van een andere variant die is genoemd, bevat deze kolom een waarde die correspondeert met de Variant_code van de andere variant. De aantallen (Variant_cases) van deze subvariant zijn een subset van die van de andere variant.

Beschrijving van de variabelen:

Version: Versienummer van de dataset. Wanneer de inhoud van de dataset structureel word gewijzigd (dus niet de wekelijkse update of een correctie op record niveau), zal het versienummer aangepast worden (+1) en ook de corresponderende metadata in RIVM data (data.rivm.nl). Date_of_report: Datum en tijd waarop het databestand voor het laatst is bijgewerkt door het RIVM. Schrijfwijze: YYYY-MM-DD hh:mm:ss. Date_of_statistics_week_start: De datum van de maandag - eerste dag van die week - waarvoor de aantallen per week worden gepresenteerd. De laatste dag van de week is de zondag. Schrijfwijze: YYYY-MM-DD. Variant_code: Wetenschappelijke naam van SARS-CoV-2 variant op basis van Pangolin nomenclature. Kan letters, cijfers en punten bevatten. Variant_name: Actuele WHO label van SARS-CoV-2 variant. Bestaat enkel uit letters. ECDC_category: Geeft aan of het een Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI), Variant under Monitoring (VUM), of De-escalated Variant (DEV) is volgens de actuele definities van ECDC. Voor meer info zie ook: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern. WHO_category: Geeft aan of het een Variant of Concern (VOC), Variant of Interest (VOI) of Variant under Monitoring (VUM) is volgens de actuele definities van WHO. Voor meer info zie ook: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ Is_subvariant_of: Indien deze variant een subvariant is van een andere variant die is genoemd, bevat deze kolom een waarde die correspondeert met de Variant_code van de andere variant. De aantallen (Variant_cases) van deze subvariant zijn een subset van die van de andere variant. Sample_size: Toont de totale steekproefgrootte in de betreffende week aan. Bestaat enkel uit hele getallen. Variant_cases: Toont aan voor hoeveel gevallen uit de steekproef in de betreffende week de specifieke VOC, VOI of VUM gevonden is. Bestaat enkel uit hele getallen.