Covid-19 reproductiegetal

For English, see below

Het aantal COVID-19 gerelateerde hospitalisaties is al geruime tijd laag en COVID-19 is per 1 juli 2023 geen meldingsplichtige ziekte meer. Daarom wordt de data vanaf 11 juli 2023 niet meer bijgewerkt.

Het reproductiegetal R geeft het gemiddeld aantal mensen dat besmet wordt door één persoon met COVID-19. Voor de schatting van dit reproductiegetal gebruiken we het aantal gemelde COVID-19 ziekenhuisopnames per dag in Nederland. Dit aantal ziekenhuisopnames wordt bijgehouden door Stichting NICE (Nationale Intensive Care Evaluatie). Omdat een COVID-19 opname met enige vertraging doorgegeven wordt in het rapportagesysteem, corrigeren we het aantal opnames voor deze vertraging [1]. Voor een groot deel van de gemelde gevallen is de eerste ziektedag bekend. Deze informatie wordt gebruikt om de eerste ziektedag voor de ziekenhuisopnames te schatten. Door het aantal COVID-19 opnames per datum van eerste ziektedag weer te geven is direct te zien of het aantal infecties toeneemt, piekt of afneemt. Voor de berekening van het reproductiegetal is het ook nodig te weten wat de tijdsduur is tussen de eerste ziektedag van een COVID-19 geval en de eerste ziektedag van zijn of haar besmetter. Deze tijdsduur is gemiddeld 4 dagen voor SARS-CoV-2 varianten in 2020 en 2021, en gemiddeld 3.5 dagen voor recentere varianten, berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD. Met deze informatie wordt de waarde van het reproductiegetal berekend zoals beschreven in Wallinga & Lipsitch 2007 [2]. Tot 12 juni 2020 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 ziekenhuisopnames, en tot 15 maart 2023 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD’en. [1] van de Kassteele J, Eilers PHC, Wallinga J. Nowcasting the Number of New Symptomatic Cases During Infectious Disease Outbreaks Using Constrained P-spline Smoothing. Epidemiology. 2019;30(5):737-745. doi:10.1097/EDE.0000000000001050. [2] Wallinga J, Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc Biol Sci. 2007;274(1609):599-604. doi:10.1098/rspb.2006.3754.

Beschrijving van de variabelen: Version: Versienummer van de dataset. Wanneer de inhoud van de dataset structureel wordt gewijzigd (dus niet de dagelijkse update of een correctie op record niveau), zal het versienummer aangepast worden (+1) en ook de corresponderende metadata in RIVMdata (https://data.rivm.nl). Versie 2 update (8 februari 2022):

• In de berekening van het reproductiegetal wordt in plaats van de GGD meldingsdatum nu de datum van positieve testuitslag gebruikt. Versie 3 update (17 februari 2022):
• In de berekening van het reproductiegetal wordt nu rekening gehouden met verschillende generatietijden voor verschillende varianten. Voor de varianten tot en met Delta is de gemiddelde generatietijd 4 dagen, vanaf Omikron is dat 3.5 dagen. Het hier gepubliceerde reproductiegetal is een gewogen gemiddelde van de reproductiegetallen per variant. Versie 4 update (1 september 2022):
• Vanaf 1 september 2022 is deze dataset opgesplitst in twee delen. Het eerste deel bevat de data vanaf het begin van de pandemie tot en met 3 oktober 2021 (week 39) en bevat ‘tm’ in de bestandsnaam. Deze data wordt niet meer geüpdatet. Het tweede deel bevat de data vanaf 4 oktober 2021 (week 40) en wordt iedere dinsdag en vrijdag geüpdatet.
• Tot 31 augustus werd het gepubliceerde reproductiegetal berekend met de data van de dag voor publicatie. Vanaf 1 september is het gepubliceerde reproductiegetal berekend met de data van de dag van publicatie. Versie 5 update (31 maart 2023):
• Vanaf 15 maart 2023 wordt het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 ziekenhuisopnames volgens de NICE ziekenhuisregistratie. Van 13 juni 2020 t/m 14 maart 2023 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD. Het aantal meldingen wordt echter sterk bepaald door het testbeleid, en is door het aangepaste testbeleid per 10 maart 2023 en het sluiten van de GGD teststraten per 17 maart 2023 minder geschikt als basis voor het berekenen van het reproductiegetal. Tot en met 12 juni 2020 werd het reproductiegetal ook berekend op basis van ziekenhuisopnames, maar toen zoals gemeld aan de GGD.

Date: Datum waarvoor het reproductiegetal is geschat

Rt_low: Ondergrens 95% betrouwbaarheidsinterval

Rt_avg: Geschat reproductiegetal

Rt_up: Bovengrens 95% betrouwbaarheidsinterval

population: patiëntpopulatie met waarde “hosp” voor gehospitaliseerde patiënten of “testpos” voor test positieve patiënten

Voor recente R schattingen is de betrouwbaarheid niet groot, omdat de betrouwbaarheid afhangt van de tijd tussen infectie en ziek worden en de tijd tussen ziek worden en melden. Daarom is de variabele Rt_avg afwezig in de laatste twee weken.

Covid-19 reproduction number

The number of COVID-19 related hospitalizations has been low for quite some time and COVID-19 is no longer a notifiable disease as of July 1, 2023. Therefore, the data will no longer be updated from July 11, 2023.

The reproduction number R gives the average number of people infected by one person with COVID-19. To estimate this reproduction number, we use the number of reported COVID-19 hospital admissions per day in the Netherlands. This number of hospital admissions is tracked by the NICE Foundation (National Intensive Care Evaluation). Because a COVID-19 admission is reported with some delay in the reporting system, we correct the number of admissions for this delay [1]. The first day of illness is known for a large proportion of the reported cases. This information is used to estimate the first day of illness for hospital admissions. By displaying the number of COVID-19 admissions per date of the first day of illness, it is immediately possible to see whether the number of infections is increasing, peaking or decreasing. To calculate the reproduction number, it is also necessary to know the length of time between the first day of illness of a COVID-19 case and the first day of illness of his or her infector. This duration is an average of 4 days for SARS-CoV-2 variants in 2020 and 2021, and an average of 3.5 days for more recent variants, calculated on the basis of COVID-19 reports to the PHS. With this information, the value of the reproduction number is calculated as described in Wallinga & Lipsitch 2007 [2]. Until June 12, 2020, the reproduction number was calculated on the basis of COVID-19 hospital admissions, and until March 15, 2023, the reproduction number was calculated on the basis of COVID-19 reports to the GGDs. [1] van de Kassteele J, Eilers PHC, Wallinga J. Nowcasting the Number of New Symptomatic Cases During Infectious Disease Outbreaks Using Constrained P-spline Smoothing. Epidemiology. 2019;30(5):737-745. doi:10.1097/EDE.0000000000001050. [2] Wallinga J, Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc Biol Sci. 2007;274(1609):599-604. doi:10.1098/rspb.2006.3754.

Description of the variables: Version: Version number of the dataset. When the content of the dataset is structurally changed (so not the daily update or a correction at record level), the version number will be adjusted (+1) and also the corresponding metadata in RIVMdata (https://data.rivm.nl). Version 2 update (February 8, 2022):

• In the calculation of the reproduction number, the date of the positive test result is now used instead of the PHS notification date. Version 3 update (February 17, 2022):
• The calculation of the reproduction number now takes into account different generation times for different variants. For the variants up to and including Delta, the average generation time is 4 days, from Omikron it is 3.5 days. The reproduction number published here is a weighted average of the reproduction numbers per variant. Version 4 update (September 1, 2022):
• As of September 1, 2022, this dataset is split into two parts. The first part contains the dates from the start of the pandemic till October 3, 2021 (week 39) and contains "tm" in the file name. This data will no longer be updated. The second part contains the data from October 4, 2021 (week 40) and is updated every Tuesday and Friday.
• Until August 31, the published reproduction number was calculated with the data of the day before publication. From September 1, the published reproduction number is calculated with the data of the day of publication. Version 5 update (March 31, 2023):
• As of March 15, 2023, the reproduction number is calculated based on COVID-19 hospital admissions according to the NICE hospital registry. From June 13, 2020 to March 14, 2023, the reproduction number was calculated on the basis of COVID-19 reports to the PHS. However, the number of reports is strongly determined by the test policy, and is less suitable as a basis for calculating the reproduction number due to the adjusted test policy as of March 10, 2023 and the closure of the PHS test lanes as of March 17, 2023. Until 12 June 2020, the reproduction number was also calculated on the basis of hospital admissions, but then as reported to the PHS.

Date: Date for which the reproduction number was estimated

Rt_low: Lower limit 95% confidence interval

Rt_avg: Estimated reproduction number

Rt_up: Upper bound 95% confidence interval

population: patient population with value “hosp” for hospitalized patients or “testpos” for test positive patients

For recent R estimates, the reliability is not great, because the reliability depends on the time between infection and becoming ill and the time between becoming ill and reporting. Therefore, the variable Rt_avg is absent in the last two weeks.